Ingénieur(e) de recherche en écologie moléculaire et bio-statistique (H/F)

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Ingénieur(e) de recherche en écologie moléculaire et bio-statistique (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :

Date Limite Candidature : lundi 12 août 2024 23:59:00 heure de Paris

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Informations générales

Intitulé de l'offre : Ingénieur(e) de recherche en écologie moléculaire et bio-statistique (H/F)
Référence : UMR5557-BENCOU0-001
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : MARCY L ETOILE
Date de publication : lundi 22 juillet 2024
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 15 mois
Date d'embauche prévue : 1 décembre 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : A partir de 2875€ brut selon expérience
Niveau d'études souhaité : Niveau 8 - (Doctorat)
Expérience souhaitée : 1 à 4 années
BAP : Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type : Ingénieur-e de recherche en environnements géo-naturels et anthropisés

Missions

Les missions se dérouleront dans le cadre des activités de recherche de l'UMR Écologie Microbienne (http://www.ecologiemicrobiennelyon.fr/). L'IR intégrera un projet de recherche financé par l’ANR (agence nationale de la recherche – France) s’inscrivant dans les domaines de la « santé unique » (One Health), et de la microbiologie urbaine, notamment l’étude de la dissémination d’agents pathogènes bactériens en ville. Les travaux de l’IR concerneront l’analyse de la diversité, du fonctionnement et des dangers sanitaires associés aux assemblages microbiens des surfaces urbaines (rues, trottoirs, jardins de pluie). Les missions impliqueront l’analyse de grands jeux de données de (i) séquences d’amplicons PCR (gènes universels et fonctionnels), et (ii) de contigs de métagénomes, dans l’objectif d’inférer les assemblages microbiens des surfaces urbaines ainsi que l’occurrence de certains groupes fonctionnels. Ces travaux pourront s’appuyer sur des données de séquences d’ADN existantes (meta-barcoding et métagénomes) permettant à l’agent recruté d’appliquer dès son intégration au sein de l’équipe divers pipelines d’analyses bio-informatiques et bio-statistiques pour inférer les composantes (ASV, MAG, etc.) de ces jeux de données, étudier les réseaux de co-occurrences entre ces entités ainsi qu’avec certains descripteurs du milieu, dont les organisations socio-urbanistiques et concentrations en polluants et nutriments. Ces travaux pourront être complétés par des études fonctionnelles effectuées en collaboration avec les autres membres du consortium. Les travaux s’effectueront principalement dans les locaux VetAgro Sup – campus vétérinaire de l’UMR Ecologie Microbienne.

Activités

1. Conduire, en tant que spécialiste, des expériences et analyses de données dans un cadre conceptuel s’appuyant sur la production et l’utilisation de grands jeux de séquences d’ADN de micro-organismes (méta-barcoding, métagénomes).
2. Valoriser des données expérimentales, incluant leur interprétation et présentation sous forme de rapports d'études, et d’articles scientifiques (en anglais), et participer à des réunions de travail et conférences/colloques.
3. Choisir, adapter et conduire des analyses bio-informatiques et statistiques de grands jeux de séquences ADN (amplicons PCR via meta-barcoding, et méta-génomes) de micro-organismes afin d’étudier, entre autres, la diversité et les biais de répartition des assemblages microbiens en ville, et d’inférer les réseaux de co-occurrences entre groupes de séquences d’ADN et certaines variables de terrain.
4. Assurer la traçabilité des données produites, de leurs modes d’analyse (scripts R), et d’interprétations (traçabilité sur les tests statistiques effectués, etc.), respectant les principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) applicables à la gestion de données.

Compétences

Doctorat en Sciences dans les domaines de l’écologie microbienne, de l’écologie moléculaire ou de la microbiologie. Le/la candidat(e) devra avoir une très bonne maîtrise des concepts d'écologie microbienne et écologie moléculaire, et une forte expertise des modes d’analyses (bio-informatiques / bio-statistiques via, entre autres, les packages R, et autres) de séquences d’ADN produites par approches méta-barcoding et/ou métagénomiques. Le/la candidat(e) devra témoigner d’une très bonne expertise en microbiologie générale, et d’un intérêt pour les domaines de la santé environnementale et de l’infectiologie.

Contexte de travail

Poste CDD rattaché à l'équipe BPOE de l'unité mixte de recherche d'écologie microbienne, UMR5557 sous la supervision de B. Cournoyer et W. Galia. Le poste sera positionné dans les locaux de l'équipe situés sur VetAgro Sup, mais pourrait impliquer, dans certaines circonstances, une utilisation de locaux situés à l'UCBL (U. Lyon 1). Les missions s'effectueront dans le contexte d'un projet financé par l'Agence de la Recherche (ANR).

Informations complémentaires

Modalités de dépôt d'une candidature:
(1) Merci de transmettre votre dossier avant le 30 septembre 2024 aux adresses email suivantes ou de nous contacter si dépôt après cette date pour évaluer l'acceptabilité de votre candidature:
(a) benoit.cournoyer@vetagro-sup.fr , (b) wessam.galia@vetagro-sup.fr
(mettre « candidature poste IR» dans l’intitulé du message)

(2) Pour faciliter l’étude de votre candidature, ce dossier devrait inclure, au minimum, les éléments suivants : (i) une lettre de motivation (1 page), (ii) un CV court avec liste des publications, (iii) un descriptif court (1-2 pages) des compétences :
- techniques : Expérience avec des outils de bioinformatique tels que QIIME, DADA2, Mothur, ou autres plateformes d'analyse de données de séquences d'ADN.
- analytiques : Expertise en statistiques et analyse de données, notamment avec des logiciels tels que R. Compétence en modélisation de données en écologie, et analyse des réseaux de co-occurrence.
- transversales : Expérience en rédaction scientifique et publication d'articles dans des revues internationales à comité de lecture.

(3) Les entretiens s’effectueront début octobre 2024.
Démarrage souhaité du contrat en novembre ou décembre 2024 (ouvert à discussion).

(4) Une validation de réception des dossiers sera effectuée auprès des candidats dès dépôt d'une candidature; en absence de confirmation de réception, merci de redéposer votre candidature.

(5) Les candidats seront informés de leur sélection pour un entretien dès que possible; les entretiens pourront s'effectuer en visio ou présentiel. Environ 5 candidats seront auditionnés début octobre 2024.

(6) La finalisation du recrutement est prévue au plus tard fin octobre 2024.

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