Ingénieur.e en bioinformatique

CDD·IE·24 mois

Bac+5 / Master

Laboratoire Innovation en Spectrométrie de Masse CEA Saclay·Gif sur Yvette (France)

Date de prise de poste : 2 septembre 2024

Le Laboratoire Innovations en spectrométrie de Masse pour la Santé (LI-MS) est un laboratoire du CEA à Saclay, spécialisé dans le développement et l’application d’analyses métabolomiques pour la découverte et la validation de biomarqueurs en santé. Le laboratoire, membre fondateur de l’infrastructure nationale MetaboHUB, regroupe des activités de recherche en chimie analytique et en sciences des données ainsi qu’une plateforme technologique SMArt-Omics. Il coordonne des études métabolomiques dans le cadre de projets nationaux et internationaux en biologie et santé. Au sein de ce laboratoire, l’équipe Odiscé se distingue par son expertise en sciences des données à la fois au niveau méthodologique (mathématiques, statistique et intelligence artificielle) comme appliqué (workflows computationnels, clusters de calcul, interfaces graphiques), afin de développer des méthodes innovantes pour la gestion, le traitement, l’analyse, et l’interprétation à haut-débit des données volumineuses et complexes issues des analyses métabolomiques par spectrométrie de masse haute résolution.

Le contrat proposé s’inscrit dans le programme PROPSY en psychiatrie de précision, qui comprend l’analyse de 18 000 profils métaboliques. Pour répondre à cette initiative ambitieuse, nous sommes à la recherche d'un.e ingénieur.e en bio-informatique pour contribuer au développement des outils et des méthodes nécessaires pour assurer un passage efficace à l'échelle.

Vous intégrerez l’équipe Odiscé en sciences des données sur le site du CEA-Saclay afin de soutenir les développements bio-informatiques essentiels au traitement des données produites par le laboratoire. Vos missions consisteront à développer et maintenir de nouvelles applications visant à faciliter le traitement de grands flux de données. Vous collaborerez étroitement avec les chimistes et analystes du laboratoire pour proposer et déployer des solutions innovantes sur les infrastructures à disposition.

De formation bio-informatique et bio-statistique avec un niveau bac+5, vous avez un intérêt prononcé pour les interfaces avec la biologie/chimie. Les technologies informatiques de pointe ne vous font pas peur et vous souhaitez intégrer une équipe de recherche dynamique.

1. Maîtrise avancée du langage R, notamment de Shiny
2. Utilisation des systèmes de contrôle de version
3. Capacité à travailler efficacement en équipe
4. Aptitude à assurer le suivi de projet (gestion des tâches, traçabilité, rapports)

1. Connaissance d’autres langages de programmation (Python, C#, C++)
2. Connaissance des outils Docker et/ou Singularity
3. Notions en spectrométrie de masse ou chimie ou analyse métabolomique

Merci d’adresser votre CV détaillé + lettre de motivation + lettre(s) de recommandation(s) + bulletin de notes

Date limite : 15 juillet 2024

Email : sylvain.dechaumet@cea.fr

Offre publiée le 30 mai 2024, affichage jusqu'au 15 juillet 2024