Ingénieur.e Bioinformatique

Date de prise de poste : 1 octobre 2024

bioinformatique pipeline WES RNAseq

A l’AP-HP, le site hospitalier de la Pitié Salpêtrière assure une activité de biologie médicale 24h/24 et 7 jours sur 7. L’activité́ de biologie est organisée dans 10 services ou structures internes au département médico-universitaire (DMU) BioGem, parmis lesquels l’unité fonctionnelle de génomique du développement(GDD) du département de génétique médicale.

Dans le cadre de ses activités de médecine génomique, le département de génétique médicale héberge des compétences en bioinformatique, et travaille également en étroite collaboration avec MOABI, la plateforme de bioinformatique de l’APHP.

Au sein du pôle Innovation et Données (I&D) de la DSN de l'AP-HP, la plateforme de bioinformatique MOABI a pour missions la centralisation progressive du stockage des données de génomique produites au niveau de 39 hôpitaux, leur analyse dans le cadre de processus maitrisés et normalisés, la mise à disposition d’outils d’exploitation des résultats, l’animation d'une communauté bioinformatique de l’AP-HP regroupant plusieurs dizaines d'ingénieurs, le support technique et scientifique, la formation et la veille technologique en bioinformatique.

La stratégie mise en place à MOABI pour le développement de pipelines d’analyses permet de garantir un niveau de standardisation, de traçabilité et de reproductibilité de qualité industrielle.

Afin de soutenir plus particulièrement les innovations portées par le département de génétique médicale, tout en renforçant ses activités bioinformatiques transversales de la plateforme MOABI, nous recherchons un.e ingénieur.e en bioinformatique, afin de prendre en charge le développement et la mise en place de pipeline d’analyse de données, et en particulier:

• Pipeline d’analyse de données d’exome
• Pipeline d’analyse de données de transcriptome
• Participer au développement de pipeline d’analyse de données Nanopore

Compétences professionnelles

• Excellente connaissance des langages Python et Bash
• Excellente connaissance de snakemake
• Excellente connaissance de docker
• Maîtrise de l'environnement Linux/Unix, idéalement distribution Debian

Compétences interpersonnelles

• Excellentes qualités relationnelles et organisationnelles
• Excellent esprit d'équipe et sens relationnel
• Excellentes qualités de communication
• Autonomie, rigueur, méthode
• Capacité de travail très importante, associée à un fort dynamisme.
• Curiosité et capacité d’adaptation et d’anticipation
• Fort intérêt pour le domaine des sciences biologiques et/ou médicales.
• Adhésion aux valeurs du service public et intérêt prononcé pour le domaine de la santé
• Adhésion aux valeurs de partage de connaissances et de compétences

Procédure : Envoyer CV + Lettre de motivation à guillaume.meurice@aphp.fr, jocelyn.brayet@aphp.fr et julien.buratti@aphp.fr.

guillaume.meurice@aphp.fr

Offre publiée le 28 juin 2024, affichage jusqu'au 30 septembre 2024

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