assistant ingénieur logiciel TP70% (H/F)

Assistant ingénieur logiciel TP70% (H/F)

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• Fonction publique : Fonction publique de l'État
• Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
• Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
• Nature du contrat Non renseigné
• Expérience souhaitée Non renseigné

Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) à partir de 1596 euros bruts mensuels selon expérience.

Missions :
L’ITA recruté/e sera intégré dans l’équipe de bioinformatique du Laboratoire MMSB (UMR 5086 ; équipe MOMS). Il aura une double mission visant à (1) assurer le développement et la maintenance des outils bioinformatiques pour la simulation des protéines au niveau gros-grain (champ de force Martini 3) ; (2) contribuer aux différentes tâches prévues dans le cadre du projet ANR SELDOM.
Le poste proposé est un temps incomplet à 70%.
Activités :
La personne recrutée aura la charge de :
• Contribuer aux différentes tâches liées à la modélisation des protéines membranaires, utilisées dans plusieurs projets dans l’équipe MOMS.
• Développer et implémenter des algorithmes pour la préparation des simulations gros-grain avec le champ de force Martini.
• Contribuer au développement du champ de force Martini 3 pour les lipides neutres (esters du cholestérol) et des protéines ; en particulier, l’ITA recruté/e s’occupera de l’optimisation du backbone des protéines.
• Développer et implémenter de nouvelles méthodologies pour l’analyse des trajectoires de simulations moléculaires, réalisées par l’équipe MOBI.
• Développer des tutoriels pour illustrer le fonctionnement des différents outils bioinformatiques utilisés dans l’équipe, et les partager sur le site GitHub de l’équipe.
• Former les nouveaux arrivants de l’équipe MOBI aux bonnes pratiques de programmation, à l’utilisation des ressources informatiques disponibles dans l’équipe (y compris GitHub), et au stockage des données.
Contexte de travail :
Le laboratoire MMSB regroupe 11 équipes et environ 90 agents.
MMSB a mis en place une infrastructure de calcul scientifique (576 CPU, 2 GPU) et une dédiée aux services web (96 CPU, 2 GPU). Dans MMSB, l’équipe MOMS (bioinformatique et modélisation moléculaire) est impliquée dans le développement du champ de force Martini, un projet collaboratif qui implique plusieurs équipes de recherche dans différents pays.
Le recrutement d’un ITA permettrait la poursuite des travaux en cours liés au développement du champ de force Martini, et en particulier le projet ANR SELDOM sur la biogenèse des gouttelettes lipidiques.

Profil recherché

Compétences :
• Connaissances théoriques générales dans le domaine de la biologie structurale (membranes biologiques, protéines membranaires).
• Connaissances générales des principes de physico-chimie déterminant la structure des macromolécules biologiques (en particulier protéines et membranes lipidiques) et leurs interactions.
• Connaissances théoriques et pratiques des principes et des algorithmes de la dynamique moléculaire, et en particulier du logiciel GROMACS.
• Connaissances théoriques et expérience souhaitée avec le champ de force Martini 3.
• Connaissances pratiques du système d’exploitation Linux (incluant les bases de l’administration des systèmes), du langage bash et d’ordonnanceurs de tâches informatiques pour clusters de calculs.
• Connaissances pratiques du langage Python et ses bibliothèques de calculs scientifiques et d’analyse de données.
Contraintes et risques :
• Une expérience avec la modélisation de dynamique moléculaire gros-grain et le champ de force Martini 3 est souhaitée.
• Travail à l’ordinateur.

Niveau d'études minimum requis

• Niveau Niveau 5 Diplômes de niveau bac +2
• Spécialisation Informatique, traitement de l'information, réseau de transmission des données

C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.

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